虚开发票罪案件证据链条一般分为七环，每一环节下需要查证不同的事实，每一查证事实需要相互印证的证据来证明。分别是：(1)案件线索来源；(2)查证犯罪事实；(3)锁定犯罪嫌疑人及到案经过；(4)证据充分性及排他性说明；(5)罪前罪后表现及其他量刑情节；(6)涉嫌罪名。